|
|
Proteomic analysis of myocardial integral membrane proteins
Oliva, Tomáš ; Petrák, Jiří (vedoucí práce) ; Pompach, Petr (oponent)
Kardiovaskulární onemocnění představují nejvyšší zdroj mortality i morbidity v Evropě. Více než 4 miliony lidí ročně na tato onemocnění zemře a více než 11 milionů nových případů kardiovaskulárních onemocnění se objeví každý rok. Tato čísla jen poukazují na to, že je zde potřeba nejen pro lepší diagnostické, prognostické a prediktivní biomarkery, ale také potřeba pro nové a efektivnější léky. Integrální membránové proteiny (IMP) jsou ideálními kandidáty na nové cíle léčiv. Analýza IMP stále představuje jeden z hlavních problémů současné proteomiky. Důvodem je nízká úroveň exprese IMP, jejich snížená rozpustnost ve vodě a také nedostatek trypsinových štěpných míst v transmembránových segmentech. Byla vyvinuta celá řada metod, které se snaží tyto problémy obejít. Jedná se zejména o metody, které selektivně cílí na N-glykosylované segmenty IMP (CSC, SPEG, N-glyco-FASP), a nebo metody, které naopak cílí na hydrofobní transmembránové segmenty (hpTC). My jsme se v této práci rozhodli spojit dva přístupy, které cílí na N-glykosylované extramembránové segmenty IMP (SPEG a N-glyco-FASP) provedené na dvou typech vzorku (na celotkáňovém lyzátu a membránové frakci) spolu s hpTC metodou, která naopak cílí na hydrofobní transmembránové segmenty a s necíleným "detergent+trypsin" přístupem. Tento kombinovaný...
|
|
|
On-line derivatizace sacharidů v kapilární elektroforéze
Mareš, Vít ; Křížek, Tomáš (vedoucí práce) ; Coufal, Pavel (oponent)
Sacharidové řetězce glykoproteinů mohou podléhat různým chybám při jejich bi- osyntéze, které ovlivňují jejich biologické funkce, proto jich může být využito v diagnóze některých onemocnění nebo kontrole kvality biofarmaceutik, konkrét- ně monoklonálních protilátek, které také obsahují tetramerní glykoproteiny. Při diagnóze těchto poruch má potencionální využití kapilární elektroforéza. V této práci byla vyvíjena metoda on-line derivatizace sacharidů v křemenné kapiláře o délce 50 cm a o vnitřním průměru 50 µm. Jako modelová molekula byla použita glukóza, která byla značena fluorescenčním derivatizačním činidlem, 7-aminonaftalen-1,3-disulfonovou kyselinou. Metodu derivatizace glukózy a její separaci bylo potřeba optimalizovat. Nejprve byla zjištěna elektroforetická po- hyblivost derivatizačního činidla v 0,5; 1,0 a 2,5M koncentracích kyseliny octové a v 20mM fosfátovém pufru, pH = 3,5. Jako rozpouštědlo pro 7-aminonaftalen- 1,3-disufonovou kyselinu byly vyzkoušeny 2,5M kyselina octová i 20mM fosfátový pufr se záměrem sjednotit reakční a separační prostředí, což se ukázalo jako ne- realizovatelné. Byly zjištěny efektivní pohyblivosti ve zmíněných roztocích. Nej- lépe probíhala reakce s glukózou v prostředí kyseliny octové. Pro separaci bylo zjištěno, že nejvhodnějším základním elektrolytem je naopak...
|
|
|
Glykoproteinový profil ejakulátu mužů jako marker jeho kvality
Pavlová, Hana ; Postlerová, Pavla (vedoucí práce) ; Krejčová, Tereza (oponent)
Glykoproteiny jsou nepostradatelnou složkou glykokalyxu spermií. Vznikají procesem kotranslační či posttranslační modifikace, glykosylace, při které jsou sacharidové řetězce, takzvané glykany, připojovány na peptidový řetězec. Glykoproteiny participují na reprodukčních procesech a jejich přítomnost je často klíčová pro úspěšnou fertilizaci. Míra glykosylace glykoproteinů je velmi variabilní a je dána zastoupením sacharidových jednotek v glykanech. Již dříve bylo zjištěno, že míra glykosylace může souviset s fertilitou jedince. Diplomová práce je zaměřena na porovnání zastoupení terminálních sacharidů, sialové kyseliny a fukózy, v glykoproteinech spermií a semenné plazmy pacientů s normálními a abnormálními parametry ejakulátu. Zjišťována byla celková míra sialylace a fukosylace v semenné plazmě a dále míra sialylace a fukosylace konkrétních detekovaných glykoproteinů spermií a semenné plazmy. Signifikantní rozdíl byl zaznamenán pouze při detekci celkové fukosylace glykoproteinů semenné plazmy. Následnými korelačními testy však byly zjištěny důležité souvislosti mezi mírou sialylace a fukosylace glykoproteinů a parametry ejakulátu, konkrétně objemem, morfologickými abnormalitami spermií, probíhající apoptózou, a především přítomností protilátek proti spermiím v ejakulátu. Také byly identifikovány...
|
|
|
Glykoproteiny ve slinách krevsajících členovců
Sumová, Petra ; Volf, Petr (vedoucí práce) ; Mikeš, Libor (oponent)
Krevsající členovci injikují během sání krve obsah svých slinných žláz do hostitele. Sliny krevsajících členovců obsahují celé spektrum bioaktivních makromolekul, jejichž hlavní funkcí je umožnění sání krve. Proti řadě těchto molekul je ovšem namířena protilátková odpověď hostitelského imunitního systému. Detekce této protilátkové odpovědi může, díky mezidruhovým odlišnostem v proteinovém složení slin, sloužit jako měřítko expozice hostitele jednotlivým druhům krevsajících členovců. Molekulami vyvolávajícími protilátkovou odpověď mohou být proteiny nebo glykoproteiny. Glykoproteiny jsou proteiny, na něž jsou glykosidicky vázány oligosacharidové řetězce. Za antigenní vlastnosti slinných glykoproteinů mohou být zodpovědné obě jejich složky, či pouze cukerná nebo proteinová část. Tuto skutečnost je třeba zohlednit při výběru expresního systému pro syntézu rekombinantních glykoproteinů. Tato práce shrnuje poznatky o struktuře, funkci a vlastnostech slinných glykoproteinů různých druhů krevsajících členovců.
|
|
|
Proteomic analysis of myocardial integral membrane proteins
Oliva, Tomáš ; Petrák, Jiří (vedoucí práce) ; Pompach, Petr (oponent)
Kardiovaskulární onemocnění představují nejvyšší zdroj mortality i morbidity v Evropě. Více než 4 miliony lidí ročně na tato onemocnění zemře a více než 11 milionů nových případů kardiovaskulárních onemocnění se objeví každý rok. Tato čísla jen poukazují na to, že je zde potřeba nejen pro lepší diagnostické, prognostické a prediktivní biomarkery, ale také potřeba pro nové a efektivnější léky. Integrální membránové proteiny (IMP) jsou ideálními kandidáty na nové cíle léčiv. Analýza IMP stále představuje jeden z hlavních problémů současné proteomiky. Důvodem je nízká úroveň exprese IMP, jejich snížená rozpustnost ve vodě a také nedostatek trypsinových štěpných míst v transmembránových segmentech. Byla vyvinuta celá řada metod, které se snaží tyto problémy obejít. Jedná se zejména o metody, které selektivně cílí na N-glykosylované segmenty IMP (CSC, SPEG, N-glyco-FASP), a nebo metody, které naopak cílí na hydrofobní transmembránové segmenty (hpTC). My jsme se v této práci rozhodli spojit dva přístupy, které cílí na N-glykosylované extramembránové segmenty IMP (SPEG a N-glyco-FASP) provedené na dvou typech vzorku (na celotkáňovém lyzátu a membránové frakci) spolu s hpTC metodou, která naopak cílí na hydrofobní transmembránové segmenty a s necíleným "detergent+trypsin" přístupem. Tento kombinovaný...
|
|
|
Glykoproteiny ve slinách krevsajících členovců
Sumová, Petra ; Volf, Petr (vedoucí práce) ; Mikeš, Libor (oponent)
Krevsající členovci injikují během sání krve obsah svých slinných žláz do hostitele. Sliny krevsajících členovců obsahují celé spektrum bioaktivních makromolekul, jejichž hlavní funkcí je umožnění sání krve. Proti řadě těchto molekul je ovšem namířena protilátková odpověď hostitelského imunitního systému. Detekce této protilátkové odpovědi může, díky mezidruhovým odlišnostem v proteinovém složení slin, sloužit jako měřítko expozice hostitele jednotlivým druhům krevsajících členovců. Molekulami vyvolávajícími protilátkovou odpověď mohou být proteiny nebo glykoproteiny. Glykoproteiny jsou proteiny, na něž jsou glykosidicky vázány oligosacharidové řetězce. Za antigenní vlastnosti slinných glykoproteinů mohou být zodpovědné obě jejich složky, či pouze cukerná nebo proteinová část. Tuto skutečnost je třeba zohlednit při výběru expresního systému pro syntézu rekombinantních glykoproteinů. Tato práce shrnuje poznatky o struktuře, funkci a vlastnostech slinných glykoproteinů různých druhů krevsajících členovců.
|
|
|
Význam sialovaných glykoproteinů pro klíště \kur{Ixodes ricinus}
ONDRUŠ, Jaroslav
Kyselina sialová je běžnou součástí glykanů obratlovců. Nachází se v terminálních pozicích glykokonjugátů přítomných na povrchu buněk. Jejich množství a struktura se liší jak napříč živočišnými druhy, tak v rámci jednotlivých organismů a jeho orgánů. Sialované glykoproteiny jsou v rámci obratlovců důkladně prozkoumány, ovšem v případě bezobratlých byly zatím identifikovány a popsány jen v malém množství druhů a jejich role zde tak zůstává z velké části neznámá. V případě krev sajících parazitů je jejich výzkum zkomplikován přítomností velkého množství sialovaných glykoproteinů pocházejících z potravy, tedy krve hostitele. V klíštěti Ixodes ricinus byla přítomnost metabolicky vytvořených sialovaných glykoproteinů prokázána již dříve ve slinných žlazách a vaječnících. V této práci se zabýváme významem sialovaných glykoproteinů pocházejících z metabolismu klíštěte i hostitele. Dokazujeme zde, že metabolicky vytvořené glykoproteiny klíštětem mají funkci při embryogenezi, a že se jejich obsah mění v závislosti na stáří vykladených vajíček. Tyto molekuly byly lokalizovány ve vajíčkách i larvách klíštěte pomocí kryořezů. Dále dokazujeme, že kyselina sialová v hostitelských sérových glykoproteinech má zásadní význam pro rozpoznávání těchto glykoproteinů klíšťaty.
|
|
|
Epididymal maturation – a crucial step in the post-testicular sperm development
Postlerová, Pavla ; Pohlová, Alžběta ; Zigo, Michal ; Jonáková, Věra
Mammalian spermatozoa after their development in testis undergo the post-testicular maturation in epididymis where acquire their fertilization ability and competence of movement. The epididymis is tissue with very active fluid-absorbing and fluid-secreting activity. Epididymal fluid contains ions and small molecules, proteins, glycoproteins and enzymes. The surface of spermatozoa is exposed directly to the epididymal fluid, and the sperm plasma membrane is significantly changed. Some testicular proteins are altered, masked, or replaced by new proteins/glycoproteins of epididymal origin. Several proteins produced by epididymis have been described in various mammalian species and shown to be associated with spermatozoa suggesting a role in the sperm maturation and/or sperm-egg binding and fusion. We isolated proteins from fluid, tissue and sperm of boar epididymis, and separated them by chromatographic and electrophoretic methods. We searched for known proteins using panel of antibodies and tested proteins of epididymal fluid for binding abilities. In the epididymis, we found proteins described as proteins of seminal plasma and associated with the sperm surface, such as spermadhesins, beta-microseminoprotein and acrosin inhibitor. These proteins were detected in epididymal sperm, fluid and tissue. We showed that some epididymal proteins may bind the spermatozoa and change the binding sites on the sperm surface. We determined and identified some proteins from boar epididymal fluid with affinity to heparin, hyaluronan and zona pellucida glycoproteins. These phenomena indicate that epididymal fluid proteins bind to the sperm surface during epididymal maturation and might subsequently play role in the sperm capacitation or sperm-zona pellucida binding.
|
|
| |
|
|
Analýza glykoproteinů ze slinných žláz klíštěte \kur{Ixodes ricinus}
BUČINSKÁ, Lenka
Charakterizovala jsem nekolik potencionálních glykoproteinů z extraktů slinných žláz nenasátých a částečně nasátých samic klíštěte Ixodes ricinus použitím afinitního značení s lektiny a pomocí enzymatické deglykosylační reakce. Izolovala jsem glykoprotein specifický k lektinu GNA. Tento glykoprotein obsahuje N{--}vázanou terminální manózu připojenou Man{$\alpha$}1,3Man. Tento protein byl hmotnostní spektrometrii určen jako Karboxypeptidáza M. Dále byly izolovány dva glykoproteiny obsahující GalNAc pomocí HPA{--}afinitní chromatografie. Výsledkem MS analýzy bylo určení morčecího proteinu Trappin 12. V SŽ nasáté samice klíštěte jsem detekovala fukózu vazanou vazbami {$\alpha$}1,2, {$\alpha$}1,3 a {$\alpha$}1,6. Také přítomnost O{--}vázané fukózy je možná. Přítomnost kyseliny sialové v glykoproteinech SŽ a slinách nasáté samice klíště byla nepřímo prokázána vazbou s MAA II lektinem. Analýzou hmotnostní spekrometrie byla zjištěna N{--}terminální sekvence peptidu podobná s myším sialoadhesinem (Siglec 1). Dosavadní výsledky z MS zatím nepřispěly k potvrzení či vyvrácení přítomnosti Siglec 1. Z nenasátých SŽ samic jsme izolovali dva proteiny specifické pro značení GNA lektinem. Byly předběžně identifikovány jako protein podobný arylsulfatáze B a Sojo protein cytoskeletu klíštěte Ixodes. Přítomnost proteinů s GNA specifitou byla prokázána v granulech acinů SŽ nenasáté a částečně nasáté samice klíštěte. Přítomnost fukózy byla prokázána v granulárních buňkách acinů II a III a ve střevních buňkách a obsahu střeva klíštěte pomocí afinitního značení a reakce byla pozorována florescenčním mikroskopem.
|
host ::
RSS.